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Bei der Erkundung eines Planeten durchfliegen Captain Archer (Scott Bakula) und Trevis Mayweather (Anthony Montgomery) versehentlich militärisches Sperrgebiet und werden daraufhin von den Tandaranern festgenommen. Bis zu ihrer Verhandlung werden die beiden im Gefängnis Tandara Prime festgehalten und sollen Colonel Grat (Dean Stockwell) Auskunft über die Cabal, der genetisch veränderten Kriegerkaste der Suliban, geben. Unterdessen gelingt es T'Pol (Jolene Blalock) einen Kommunikator zu Archer zu beamen, der fest entschlossen ist, den Männern bei der Flucht zu helfen.

Ein Fauxpas beim Empfang der Kreetassianer bringt die Offiziere der Enterprise in Verlegenheit. Als die Aliens überstürzt vom Schiff ablegen, gelangt über eine Luftschleuse ein rankenartiges Gebilde an Bord der Enterprise. Rostov (Joseph Will) und Kelly (Renee Goldsberry) sowie Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) werden von dem pflanzenartigen Wesen erfasst und in Kokons aus Spinnengewebe gehüllt. Der Versuch das Lebewesen mit Lichtkanonen zu bekämpfen scheitert, als sich herausstellt, dass die Nervensysteme der Besatzung mit der des Wesens verschmolzen sind.

Captain Archer (Scott Bakula) erhält den Auftrag, die vulkanische Botschafterin V'Lar (Fionnula Flanagan) zu ihrem Schiff zurück zu bringen. Als sie an Bord geht, gerät die Enterprise von einem Mazariten-Schiff unter Beschuss. Die Forderung: V'Lar sofort herauszugeben. Archer stellt die Diplomatin zur Rede, die sich aber strikt weigert Details über Identität und die Motive der Angreifer zu geben. Als die Enterprise plötzlich von mehreren feindlichen Schiffen angegriffen wird, ist die gesamte Besatzung in erheblicher Lebensgefahr.

Als Dank für eine Reparatur an seinem Schiff lädt ein gewisser Zobral (Clancy Brown) Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) auf seinen Wüstenplaneten ein. Unterdessen erfährt T'Pol (Jolene Blalock), dass es sich bei Zobral und seinen Männern um vermeintliche Terroristen handelt. Wie sich aber herausstellt, herrscht auf dem Planeten ein altes Kastensystem, in der die diktatorische Elite die niederen Bewohner knechtet. Alle juristischen Vorgehen gegen die Diktatur hatten keinen Erfolg und so erhoffen sich die Bewohner Hilfe von Archer, der im Weltall als Krisenmanager bekannt ist.

Die Crew der Enterprise schaut einem Urlaub auf dem Ferien-Planeten Risa entgegen. Archer (Scott Bakula), Tucker (Connor Trinneer), Reed (Dominic Keating), Sato (Linda Park) und Mayweather (Anthony Montgomery) wurden auserkoren, um dort ein paar Tage abzuschalten. Aber auch auf dem Schiff entspannt die Besatzung: Dr. Phlox (John Billingsley) wurde von Cutler (Kellie Waymire) in einen zweitägigen Winterschlaf versetzt. Während Archer die Bekanntschaft einer zweifelhaften Tandaranin macht, verliebt sich Sato in einen rätselhaften Mann namens Ravis.

Ein Außenteam der Enterprise nimmt Kurs auf die Kolonie der Paaraganer. Weil die Atmosphäre des Planeten leicht entzündlich ist, darf kein Plasma aus dem Antrieb des Shuttles nach außen dringen. Plötzlich wird das Shuttle von einer mächtigen Schockwelle, die auch die gesamte Population der Kolonie ausgelöscht, erschüttert. In Folge dessen kommen Admiral Forrest (Vaughn Armstrong) und seine Berater auf den Entschluss, die Mission der Enterprise abzubrechen. Archer findet sich unterdessen in der Vergangenheit wieder: Kann er von der parallelen Zeitlinie aus die Mission der Enterprise retten?

Silik (John Fleck) ist sehr darüber verärgert, dass ihm in der Gegenwart Captain Archer (Scott Bakula) nicht übergeben wurde. Dieser befindet sich immer noch in einer parallelen Zeitschiene, in der er mit Daniels (Matt Winston) bereits viele Jahrhunderte in die Zukunft gereist ist. Dort erkennt Daniels in einer Bibliothek, dass Archer absichtlich aus dem 22. Jahrhundert entfernt wurde, damit Silik die Ereignisse auslösen kann, die Daniels ursprünglich verhindern wollte. Archer setzt alles daran, schnellstmöglich in sein Jahrhundert zurückzukehren.

Die Crew feiert den Jahrestag der Versetzung T'Pols (Jolene Blalock) auf die Enterprise. Während ihrer Stationierung auf der Erde, war die Vulkanierin von Sausalito aus nach Carbon Creek gereist: Dort sei der erste Kontakt zwischen Menschen und Vulkaniern zustande gekommen. Weil Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) behaupten, dass der Erstkontakt in Montana stattfand, erzählt T'Pol die Geschichte ihrer Urgroßmutter T'Mir.

Die Enterprise durchfährt ein getarntes Minenfeld, wobei sich eine Mine an die Panzerung des Schiffes heftet. Bei dem Versuch den Sprengkörper zu entfernen, durchbohrt eine Landstütze Reeds (Dominic Keating) Bein und nagelt ihn buchstäblich an der Außenhülle fest. Archers (Scott Bakula) Bemühungen, die Mine zu entschärfen scheitern, als ein Subdetonator diese wieder scharf stellt. Reed erkennt, dass es keine andere Möglichkeit gibt, eine Katastrophe zu verhindern, als sich zu opfern.

Die gravierenden Schäden an der Enterprise zwingen Archer (Scott Bakula) einen Notruf abzusetzen. Ein Tellariten-Frachter gibt der Besatzung die Koordinaten einer vollautomatischen Reparaturstation durch. Um die Arbeiten durchführen zu können, müssen die betroffenen Sektionen geräumt werden. Unterdessen lösen T'Pol (Jolene Blalock) und Reed (Dominic Keating) auf ihrer Erkundungstour der Station mehrere Sensoren aus und werden deshalb von der Brücke gebeamt. Mayweather (Anthony Montgomery) verschwindet plötzlich. Auf ihrer Suche findet die Crew eine große Anzahl von entführten humanoiden Wesen.

Nach dem Ausfall eines Plasmainjektors droht der Enterprise die Flugunfähigkeit. Um den Defekt schnellstmöglich zu beheben steuert sie die Heimatwelt der Kreetassen an, um dort ein Ersatzgerät zu erwerben. Archer (Scott Bakula) nimmt seinen Hund Porthos zu einem diplomatischen Treffen mit, der dort für einen Eklat sorgt: Er markiert den heiligen Baum der Bewohner. Zu allem Übel stellt Dr. Phlox (John Billingsley) beim Scan der Planetbesucher fest, dass der Hund ein Pathogen gefressen hat, dass sein Immunsystem derart schwächt, dass vorerst er auf der Quarantänestation behandelt werden muss.

Um ihre Vorräte an Deuterium aufzufüllen, fliegen Captain Archer (Scott Bakula), T'Pol (Jolene Blalock) und Tucker (Connor Trinneer) zu einem fremden Planeten. Obwohl dort die Deuteriumvorkommen rar sind, gelingt es Archer den Handel mit dem Anführer der Siedler, Tessic (Larry Cedar), abzuschließen. Die Kolonie ist trotz der florierenden Geschäfte arm geblieben. Der Grund: Räuberische Klingonen fallen über die Kolonie her und stehlen die wertvollen Ressourcen.

T-Pol (Jolene Blalock), Mayweather (Anthony Montgomery) und Captain Archer (Scott Bakula) machen Jagd auf einen flüchtigen, kriminellen Vulkanier namens Menos - ein alter Bekannter T'Pols. Vor Jahren ließ T'Pol bereits einen anderen Vulkanier erschießen. Als sich Menos Captain Archer anvertraut und berichtet, dass die Vulkanier nur Opfer eines Systems und in Wirklichkeit unschuldig sind, kommen dem Trio Zweifel an der Richtigkeit ihrer Mission.

Als Reed (Dominic Keating), Captain Archer (Scott Bakula) und Sato (Linda Park) einen Planeten der Prä-Warp-Gesellschaft untersuchen, kommt Reeds Kommunikator abhanden. Das Trio beschließt auf den Planeten zurückzukehren, um das verschwundene Gerät zu suchen, doch innerhalb kürzester Zeit werden sie dabei von mehreren Uniformierten festgenommen. Sie halten die Eindringlinge für Spione einer feindlichen Supermacht. Können Archer, Reed und Sato den Befehlshaber der Prä-Warp-Gesellschaft von den wahren Gründen ihrer Mission überzeugen?

Als die Enterprise Kurs auf ein mysteriöses schwarzes Loch nimmt, beginnen sich die Crewmitglieder plötzlich recht eigenartig zu benehmen: Tucker (Connor Trinneer) versucht unermüdlich, Archers (Scott Bakula) Sessel zu optimieren, Reed (Dominic Keating) müht sich um die Verbesserung des Sicherheitssystems, Sato (Linda Park) will das perfekte Gericht kochen und Captain Archer sucht hartnäckig nach Worten für einen Text, den jeder versteht… Einzig T'Pol (Jolene Blalock) bleibt von den Veränderungen verschont und sucht nun nach der Ursache des rätselhaften Phänomens.

Als ein heftiger Sturm aufzieht, der mit polarischer Energie aufgeladen ist, müssen Tucker (Connor Trinneer) und Sato (Linda Park) in kürzester Zeit ihre Erkundungsmission auf einem fremden Planeten abbrechen. Beide werden scheinbar unversehrt an Bord der Enterprise zurück gebeamt, doch Sato fürchtet, der Transport habe die Moleküle ihres Körpers in Unordnung gebracht.

Ein außerirdisches Frachtschiff bittet die Enterprise um Unterstützung bei der Reparatur eines technischen Defekts. Während Captain Archer (Scott Bakula) den beiden Besatzungsmitgliedern, Plinn und Goff, Zugang zur Enterprise gewährt, begibt sich Trucker (Connor Trinneer) ins Innere des fremden Frachters. Dabei stößt er auf eine außergewöhnliche Fracht: Eine junge Frau, die sich in Statis befindet, um den langen Flug zu überstehen. Doch Trucker deaktiviert versehentlich die Kammer und ist gezwungen, die Insassin herauszuholen. Plinn und Goff verlieren die Fassung.

Eine neutronische Wellenfront nähert sich mit riesiger Geschwindigkeit der Enterprise. Um vor der lebensgefährlichen Strahlung geschützt zu sein, entscheiden die Senioroffiziere, die gesamte Mannschaft in den abgeschirmten Wartungsschächten des Schiffs unterzubringen, die als Catwalk bekannt sind. Nach einiger Zeit sorgt die beklemmende Stimmung bei einigen Crewmitgliedern jedoch für sonderbare Verhaltenszüge.

Tucker (Connor Trinneer) unternimmt Tests an einem Shuttle, als ein fremdes Schiff auf ihn feuert. Tucker kann auf einem nahe gelegenem Mond notlanden, doch kurz bevor er der Enterprise seinen Standort durchgeben kann, stiehlt ihm ein Außerirdischer seinen Transceiver… Was Trucker nicht weiß: Wenn die Sonne über dem Mond aufgeht, steigt die Temperatur auf der Oberfläche ins Unermessliche.

Da sich T'Pol (Jolene Blalock) mit dem Pa'nar-Syndrom infiziert hat, fragt Doktor Phlox (John Billingsley) vulkanische Ärzte um Rat. Obwohl die Vulkanier alle mit Pa'nar erkrankten Lebewesen zutiefst verachten, lassen sie sich auf ein Treffen ein. Was keiner ahnt: Den Vulkaniern geht es bei ihrem Besuch gar nicht um Informationsaustausch. Sie sind lediglich an T'Pols genetischem Material interessiert.

Wenn doch überall im Weltall Materie fressende Schwarze Löcher ihr Unwesen treiben, müsste irgendwo und irgendwie immer wieder neue Materie entstehen, so die Überlegung von Zuschauern.

Schon viel wurde darüber spekuliert, wie man den Mars bewohnbar machen könnte. Doch einige Zuschauer interessiert, wie es mit unserem anderen Nachbarplaneten steht: der Venus.

In einem Sternenentstehungsgebiet ortet die Enterprise andere Raumschiffe. Einer der Captains berichtet von einer Gruppe gläubiger Pilger, die mit ihm unterwegs sind. Sie wollen beobachten, wie einer der Protosterne alle elf Jahre eine Unmenge an Neutronen entlässt. Captain Archer (Scott Bakula) lädt die Reisenden kurzerhand zu einem Besuch auf die Enterprise ein und "Trip" (Connor Trinneer) präsentiert stolz die Technik des Raumschiffs. Keine gute Idee, den wenig später wird von einem der Besucher eine Explosion ausgelöst, die den Hauptreaktor zu zerstören droht.

Ein unbekanntes Raumschiff nähert sich der Enterprise mit so hoher Geschwindigkeit, dass es beinahe zum Zusammenstoß kommt. Kurz darauf ist das fremde Schiff wie vom Erdboden verschwunden. Da Captain Archer (Scott Bakula) fürchtet, die Enterprise könne von Aliens angegriffen werden, will er das Schiff auf der Erde gründlich überholen und mit modernsten Waffen ausrüsten lassen. Doch das fremde Raumschiff kommt ihnen zuvor.

Dr. Phox (John Billingsley) ist Mitglied eines interstellaren Austauschprogramms und führt einen regen Briefwechsel mit Dr. Jeremy Lukas vom Planeten Denobula, dem Heimatplantet von Dr. Phox. Er berichtet von seinen täglichen Routineaufgaben und den seltenen Notfällen. Kurze Zeit später entdeckt die Crew ein führerloses Raumschiff mit zwei stark geschwächten Astronauten vom Planeten Valakis, die an einer tödlichen Krankheit leiden. Dr. Phox beginnt die beiden Valakiener zu untersuchen und forscht nach einem Gegenmittel.

Die Enterprise stößt auf ein fremdes Raumschiff, dessen Außenhülle beschädigt ist. Als sich Reed (Dominic Keating), Hoshi (Linda Park) und T'Pol (Jolene Blalock) an Bord des unbekannten Schiffes begeben, müssen sie allerdings feststellen, dass es den kriegerisch gesinnten Klingonen gehört. Da es den drei Crew Mitgliedern nicht rechtzeitig gelingt, auf die Enterprise zurückzukehren, werden sie auf dem flugunfähigen Schiff zurückgelassen. Da erfährt Captain Archer(Scott Bakula), dass das Raumschiff der Klingonen starke Antriebsschäden hat und sich bereits im Sturzflug befindet.

Nachdem es zu einem Überfall auf das Kloster von P'Jem gab, legt der Botschafter Vulkanier Beschwerde beim Oberkommandanten der Sternenflotte ein. Er macht die Crew der Enterprise für die Zerstörung des Heiligtums verantwortlich. Zwar bestreitet Admiral Forrest, etwas mit der Tat zu tun zu haben, doch der Abgesandte der Sternenflotte beendet eine Zusammenarbeit mit den Vulkaniern bis auf weiteres und verlangt den Abzug von Captain Archer und T'Pol. Während die Crew tief bestürzt ist, reagiert T'Pol scheinbar ungerührt.

Die Mannschaft der Enterprise wurde mit der Vermessung eines Asteroidenfeldes beauftragt. Unterdessen testen Malcolm (Dominic Keating) und "Trip" (Connor Trineer) eine der Raumfähren und wollen zu einem späteren Zeitpunkt wieder an der Enterprise andocken. Allerdings wird die Enterprise bei einer Kollision mit einem Schiff der Tessianer beschädigt, welches in weiterer Folge abstürzt und auf einem Asteroiden zerschellt. Es gelingt die Besatzung an Bord zu nehmen und die Verletzten medizinisch zu versorgen. Währenddessen gerät die Fähre von Malcolm und "Trip" in Gefahr: Den beiden bleiben nur noch zehn Tage Zeit sich zu retten.

Auf der Erkundungsfahrt durch den Sternennebel begegnet die Enterprise einem vulkanischen Schiff, dessen Antriebssystem einer Reparatur bedarf. Archer (Scott Bakula) bietet Hilfe an und lädt CaptainTavin ein, an Bord zu kommen. Dieser berichtet, dass ihre Mission nicht der Erkundung des Alls diene, sondern der Erforschung ihrer eigenen Gefühle. Da Tavin seine Hilfe bei der Kartierung des Nebels anbietet, stellt Archer T'Pol (Jolene Blalock) zum Dienst auf dem Schiff der Vulkanier ab. Als sie dort mit ihrer eigenen Gefühlswelt konfrontiert wird, erfährt sie Schreckliches.

Auf ihrem Streifzug durch die Galaxis stößt die Enterprise auf einen systemlosen Planeten, der von verschiedenen Lebensformen bewohnt wird. Während ihrer Erkundung treffen Captain Archer (Scott Bakula), T'Pol (Jolene Blalock), Hoshi (Linda Park) und Reed (Dominic Keating) auf das Volk der Eska. Eines Nachts erscheint Archer eine mysteriöse weibliche Gestalt, die der Anführer der Eska als Halluzination abtut. Was aber wollte die schöne Frau Archer mitteilen?

Ein Überfall, bei der die gesamte Besatzung mit einem Gas betäubt wurde, hat schwerwiegende Folgend für die Enterprise. Einzig Tucker (Connor Trinneer) blieb unversehrt und muss nun mit ansehen, wie feindliche Aliens alle Frauen gefangen nehmen, um sie als Sklaven zu verkaufen. Um auch an materielle Güter zu kommen, wecken sie Captain Archer (Scott Bakula) auf. In einem unbeobachteten Moment gelingt es Tucker T'Pol (Jolene Blalock) aufzuwecken. Gemeinsam helfen sie Archer, die Einheit der Aliens zu zerschlagen.

Die Enterprise findet ein Schiff, dass auf einen unbewohnten Planeten abgestürzt ist. Angeblich soll es im Schiff auch spuken. Als die Crew das leere Raumschiff betritt, werden sie von einer bewaffneten Mannschaft überrascht. Deren Captain Ezral (Rene Auberjonois) gibt an, dass das Schiff bereits vor Jahren verunglückt sei, aufgrund von fehlendem Material aber nicht instand gesetzt werden kann. Archer (Scott Bakula) bietet sofort seine Hilfe an. Das ohnehin schon angespannte Verhältnis zwischen den Mannschaften verhärtet sich, als Tucker (Connor Trinneer) eine Leiche findet.