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Die Andorianer und Vulkanier stehen kurz vor einem Krieg, da beide Anspruch auf einem Planeten erheben. Captain Archer (Scott Bakula) soll als Außenstehender versuchen, den Streit zu schlichten. Kann es ihm gelingen, Sharan, den starrsinnigen Anführer der Andorianer, und Soval, den Botschafter der Vulkanier, zur Vernunft zu bringen und eine Einigung zu erzielen?

Die Crew der Enterprise stößt auf ein altes Schiffswrack und beschließt, die Wrackteile an Bord zu untersuchen. Beim Öffnen entdecken sie voller Erstaunen die Leiche eines Menschen - ein unerklärbarer Fund, da es bislang noch keinem Menschen gelungen war, soweit ins All vorzustoßen. Als das Volk der Suliban von der sonderlichen Entdeckung erfährt, machen sie sofort ihre Besitzansprüche deutlich. Würde das Schiff allerdings tatsächlich in die Hände der Suliban fallen, könnte dies den Verlauf des kalten Kriegs entscheidend verändern.

Ein Missverständnis sorgt dafür, dass Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) von den Enolianern als Schmuggler festgenommen werden. Als die elonianischen Behörden von der Enterprise-Crew auf den Fehler aufmerksam gemacht werden, wollen sie Archer und Trucker schnellstmöglich befreien. In der Zwischenzeit hat allerdings ein weiterer Gefangener namens Kuroda eine Revolte begonnen, um die Kontrolle über das Schiff zu erlangen. Nun versucht Archer, Kurodas Vertrauen zu gewinnen und ihn zu überlisten - ein riskanter Plan.

Auf ihrem Flug durch das All entdeckt die Enterprise ein unbekanntes Raumschiff. Als Captain Archer (Scott Bakula), Reed (Dominic Keating) und Tucker (Connor Trinneer) sich an Bord des Schiffes begeben, um das Innere zu erkunden, treffen sie schnell auf dessen Besatzung: körperlose Wesen, die als Wolken umherschwirren. Die fremden Kreaturen überreden die Enterprise-Crew dazu, ihre Körper einnehmen zu dürfen, um den Unterschied zu ihrer Lebensform kennen zu lernen. Schon bald muss Archer allerdings feststellen, dass er seine Crew damit in große Gefahr gebracht hat.

Captain Archer (Scott Bakula) wird angeklagt, mehreren Rebellen Unterschlupf auf der Enterprise gewährt und damit eine Rebellion vorangetrieben zu haben. Das klingonische Tribunal droht ihm nun mit einem Leben in den unterirdischen Minen von Rura Penthe oder im schlimmsten Fall mit der Todesstrafe. Archers ganze Hoffnung liegt auf seinem Anwalt Kolos, doch der scheint derart desillusioniert zu sein, dass er den Fall bereits als verloren sieht.

Mayweather (Anthony Montgomery) hat Urlaub genommen, um zum Schiff seiner Familie, der Horizon, zu fliegen. Doch nicht alle Verwandten freuen sich auf den anstehenden Besuch: Sein Bruder Paul hegt großen Argwohn gegen Mayweahter, besonders da dieser angekündigt hat, die Horizon auf Vordermann zu bringen. Als sie plötzlich von einem fremden Schiff angegriffen werden, müssen die beiden Brüder allerdings zusammenhalten.

Trip (Connor Trinneer), Mayweather (Anthony Montgomery) und Reed (Dominic Keating) machen sich auf den Weg zu drei denobulanischen Geologen, die vom Planeten Xantoras abgeholt werden müssen. Unterdessen kümmert sich die Crew der Enterprise um Hudak, ein verletzter Antaraner. Doch Hudak würdet lieber sterben, als sich vom denoblulanischen Arzt Dr. Phlox (John Billingsley) behandeln zu lassen, dessen Volk den Erzfeind der Antaraner darstellt.

Die Enterprise nimmt Kontakt auf mit einem vissianischen Raumschiff. Während Archer (Scott Bakula) sich an Bord des fremden Schiffes begibt, um mehr über die technisch hochentwickelten Vissianer zu erfahren, lädt Trip (Connor Trinneer) einen vissianischen Ingenieur und dessen Frau zum Essen ein. Dabei macht er die Bekanntschaft eines dreigeschlechtlichen Wesens, das den Vissianern bei der Produktion von Nachkommen helfen soll.

Ein Forschungsteam findet am Polarkreis Trümmer eines Raumschiffs sowie mehrere tiefgefrorene Körper einer fremden Spezies. Als die Wissenschaftler bei der Untersuchung der vermeidlichen Leichen plötzlich von einem der Außerirdischen angegriffen werden, setzen sie einen Notruf ab, welcher von der Enterprise gehört wird. Doch das Rettungsmanöver droht bald in einer Katastrophe zu enden.

Archer (Scott Bakula) erzählt T'Pol (Jolene Blalock) von seinem verstorbenen Freund Robinson, der für den ersten Warp-2-Flug ausgewählt wurde. Da der erste Versuch misslang, überzeugten die Vulkanier die Sternenflotte, nicht länger am Warp-2-Programm festzuhalten. Doch Archer, Robinson und Trip (Connor Trinneer) glaubten fest an den Erfolg eines zweiten Versuchs und starteten einen unangemeldeten Flug.

Skalaar überredet Captain Archer (Scott Bakula) dazu, ihn an Bord der Enterprise treffen zu dürfen. Kaum angekommen, überwältigt er Trip (Connor Trinneer) und entführt Archer. Der Grund: Skallar benötigt dringend Geld, um sein beschlagnahmtes Schiff wiederzuerhalten. Da kommt ihm das hohe Kopfgeld, das die Klingonen auf Archers Kopf ausgesetzt haben, gerade Recht.

Ein verheerender Angriff auf Amerika kostet mehr als sieben Millionen Menschen das Leben. Schuld sind die Xindi, eine unbekannte Spezies, die mit einer Art Laserstrahl einen tiefen Graben von Florida nach Venezuela gezogen haben. Als Archer (Scott Bakula) erfährt, dass die Xinti die Erde nur angegriffen haben, um in naher Zukunft nicht selbst den Menschen zum Opfer zu fallen, versucht er den Sachverhalt zu klären.

Captain Archer (Scott Bakula) ist entschlossen, die Xindi zu finden und mit ihnen zu verhandeln. Doch dafür benötigt er die Koordinaten ihres Heimatplaneten. Von einem Vorarbeiter erfährt Archer, dass in den Minen ein Xindi namens Kessick arbeitet. Als es zum Gespräch zwischen den beiden kommt, fordert dieser allerdings eine hohe Gegenleistung für die Nennung der Koordinaten: seine Befreiung aus den Minen.

Die Crew der Enterprise ist beunruhigt, da sie eine Anomalie in der Ausdehnung festgestellt haben. Da stoßen sie auf ein unbekanntes Flugobjekt, das führungslos im All herumtreibt. Als McKenzie (Julia Rose), Hawkins (Sean McGowan) und Archer (Scott Bakula) das fremde Raumschiff betreten, müssen sie feststellen, dass die gesamte Besatzung tot ist und das Schiff geplündert wurde. Da taucht plötzlich ein weiteres Raumschiff auf, dessen Crew sich ungefragt auf die Enterprise beamt.

Da Archer (Scott Bakula) den Kurs der Xindi rekonstruieren konnte, macht er sich auf zum letzten Planeten, den die fremde Spezies besucht hat. Gemeinsam mit T'Pol (Jolene Blalock), Reed (Dominic Keating) und Hoshi (Linda Park) begibt er sich an die Oberfläche des Planeten und findet dort neben einer Landefähre eine Menge Leichen. Da beginnen Hoshi, Archer und Reed sich plötzlich zu verwandeln und zwar nicht nur im Aussehen, sondern auch im Verhalte. In letzter Sekunde gelingt es T'Pol einen Notruf zu senden, ehe der Kontakt zur Enterprise abbricht.

Um Informationen über die Biowaffen der Xindi zu erhalten, macht sich Archer (Scott Bakula) auf zum Chemiker B'Rat. Der verweist Archer wiederrum an den Sklavenhändler Zjod, der die Xindi sehr genau zu kennen scheint. Als Archer den Sklavenhändler gemeinsam mit Trip (Connor Trinneer) und Reed (Dominic Keating) beehrt, versucht eine Sklavin die Besucher zu manipulieren.

Die Crew der Enterprise erreicht ein Notruf, der vom vulkanischen Schiff "Seleya" abgesetzt wurde. Als sich Archer (Scott Bakula), T'Pol (Jolene Blalock), Reed (Dominic Keating) und Hawkins (Sean McGowan) an Bord des Schiffs begeben, werden sie aus dem Nichts von den Vulkaniern angegriffen. Die haben sich allerdings in aggressive, zombieartige Kreaturen verwandelt.

Obwohl es keinerlei Hinweise auf einen Eindringling gibt, taucht in Hoshis (Linda Park) Quartier plötzlich ein Unbekannter auf. T'Pols (Jolene Blalock) Nachforschungen ergeben, dass es sich bei dem Fremden um eine telepathische Erscheinung aus einer zweiten Sphäre handelt. Der 400 Jahre alte Mann, der eigentlich auf einem mehrere Lichtjahre entfernten Planten lebt, verspricht Hoshi wertvolle Informationen über die Xindi. Doch dafür muss Hoshi für den Rest ihres Lebens auf seinen Planten ziehen.

Die Enterprise erreicht den Planeten, auf dem die Xindi die wohl wichtigste Substanz ihrer Waffe produzieren. Archer (Scott Bekula), Reed (Dominic Keating) und Major J. Hayes (Steven Culp) begeben sich auf die Oberfläche des Planten und treffen dabei auf Gralik, den Cheftechniker der Xindi. Sie erfahren, dass dieser sich gar nicht über die Ausmaße seines Handelns und die Gewalt der Waffe bewusst war. Von nun an will er Archer unterstützen und den Tod weitere unschuldiger Menschen verhindern.

Archers (Scott Bakula) Gehirn wird von Parasiten befallen, so dass er sich nicht mehr erinnern kann, was seit der Infektion geschehen ist. Dies hat zur Folge, dass Trip (Connor Trinneer) fortan das Kommando auf der Enterprise übernimmt… Nach zwölf Jahren glaubt Dr. Phlox (John Billingsley) ein Heilmittel gefunden zu haben. Er will mit einem Anti-Protonenstrahl die Parasiten aus Archers Gehirn entfernen. Doch bevor Archer vollständig geheilt werden kann, wird die Enterprise von den Xindi angegriffen.

Die Energie der Sonne auf die Erde holen, das ist schon seit Jahrzehnten der Traum von Physikern. Kernfusion als Energiequelle, sauber und fast unerschöpflich, das klingt verführerisch.

"Warum entsteht Energie, wenn ich Atome mit Fusion zusammenbaue und auch, wenn ich sie wieder zerschlage wie bei der Kernspaltung?", fragt ein Zuschauer.

Bei der Erkundung eines Planeten durchfliegen Captain Archer (Scott Bakula) und Trevis Mayweather (Anthony Montgomery) versehentlich militärisches Sperrgebiet und werden daraufhin von den Tandaranern festgenommen. Bis zu ihrer Verhandlung werden die beiden im Gefängnis Tandara Prime festgehalten und sollen Colonel Grat (Dean Stockwell) Auskunft über die Cabal, der genetisch veränderten Kriegerkaste der Suliban, geben. Unterdessen gelingt es T'Pol (Jolene Blalock) einen Kommunikator zu Archer zu beamen, der fest entschlossen ist, den Männern bei der Flucht zu helfen.

Ein Fauxpas beim Empfang der Kreetassianer bringt die Offiziere der Enterprise in Verlegenheit. Als die Aliens überstürzt vom Schiff ablegen, gelangt über eine Luftschleuse ein rankenartiges Gebilde an Bord der Enterprise. Rostov (Joseph Will) und Kelly (Renee Goldsberry) sowie Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) werden von dem pflanzenartigen Wesen erfasst und in Kokons aus Spinnengewebe gehüllt. Der Versuch das Lebewesen mit Lichtkanonen zu bekämpfen scheitert, als sich herausstellt, dass die Nervensysteme der Besatzung mit der des Wesens verschmolzen sind.

Captain Archer (Scott Bakula) erhält den Auftrag, die vulkanische Botschafterin V'Lar (Fionnula Flanagan) zu ihrem Schiff zurück zu bringen. Als sie an Bord geht, gerät die Enterprise von einem Mazariten-Schiff unter Beschuss. Die Forderung: V'Lar sofort herauszugeben. Archer stellt die Diplomatin zur Rede, die sich aber strikt weigert Details über Identität und die Motive der Angreifer zu geben. Als die Enterprise plötzlich von mehreren feindlichen Schiffen angegriffen wird, ist die gesamte Besatzung in erheblicher Lebensgefahr.

Als Dank für eine Reparatur an seinem Schiff lädt ein gewisser Zobral (Clancy Brown) Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) auf seinen Wüstenplaneten ein. Unterdessen erfährt T'Pol (Jolene Blalock), dass es sich bei Zobral und seinen Männern um vermeintliche Terroristen handelt. Wie sich aber herausstellt, herrscht auf dem Planeten ein altes Kastensystem, in der die diktatorische Elite die niederen Bewohner knechtet. Alle juristischen Vorgehen gegen die Diktatur hatten keinen Erfolg und so erhoffen sich die Bewohner Hilfe von Archer, der im Weltall als Krisenmanager bekannt ist.

Die Crew der Enterprise schaut einem Urlaub auf dem Ferien-Planeten Risa entgegen. Archer (Scott Bakula), Tucker (Connor Trinneer), Reed (Dominic Keating), Sato (Linda Park) und Mayweather (Anthony Montgomery) wurden auserkoren, um dort ein paar Tage abzuschalten. Aber auch auf dem Schiff entspannt die Besatzung: Dr. Phlox (John Billingsley) wurde von Cutler (Kellie Waymire) in einen zweitägigen Winterschlaf versetzt. Während Archer die Bekanntschaft einer zweifelhaften Tandaranin macht, verliebt sich Sato in einen rätselhaften Mann namens Ravis.

Ein Außenteam der Enterprise nimmt Kurs auf die Kolonie der Paaraganer. Weil die Atmosphäre des Planeten leicht entzündlich ist, darf kein Plasma aus dem Antrieb des Shuttles nach außen dringen. Plötzlich wird das Shuttle von einer mächtigen Schockwelle, die auch die gesamte Population der Kolonie ausgelöscht, erschüttert. In Folge dessen kommen Admiral Forrest (Vaughn Armstrong) und seine Berater auf den Entschluss, die Mission der Enterprise abzubrechen. Archer findet sich unterdessen in der Vergangenheit wieder: Kann er von der parallelen Zeitlinie aus die Mission der Enterprise retten?

Silik (John Fleck) ist sehr darüber verärgert, dass ihm in der Gegenwart Captain Archer (Scott Bakula) nicht übergeben wurde. Dieser befindet sich immer noch in einer parallelen Zeitschiene, in der er mit Daniels (Matt Winston) bereits viele Jahrhunderte in die Zukunft gereist ist. Dort erkennt Daniels in einer Bibliothek, dass Archer absichtlich aus dem 22. Jahrhundert entfernt wurde, damit Silik die Ereignisse auslösen kann, die Daniels ursprünglich verhindern wollte. Archer setzt alles daran, schnellstmöglich in sein Jahrhundert zurückzukehren.

Die Crew feiert den Jahrestag der Versetzung T'Pols (Jolene Blalock) auf die Enterprise. Während ihrer Stationierung auf der Erde, war die Vulkanierin von Sausalito aus nach Carbon Creek gereist: Dort sei der erste Kontakt zwischen Menschen und Vulkaniern zustande gekommen. Weil Archer (Scott Bakula) und Tucker (Connor Trinneer) behaupten, dass der Erstkontakt in Montana stattfand, erzählt T'Pol die Geschichte ihrer Urgroßmutter T'Mir.

Die Enterprise durchfährt ein getarntes Minenfeld, wobei sich eine Mine an die Panzerung des Schiffes heftet. Bei dem Versuch den Sprengkörper zu entfernen, durchbohrt eine Landstütze Reeds (Dominic Keating) Bein und nagelt ihn buchstäblich an der Außenhülle fest. Archers (Scott Bakula) Bemühungen, die Mine zu entschärfen scheitern, als ein Subdetonator diese wieder scharf stellt. Reed erkennt, dass es keine andere Möglichkeit gibt, eine Katastrophe zu verhindern, als sich zu opfern.

Die gravierenden Schäden an der Enterprise zwingen Archer (Scott Bakula) einen Notruf abzusetzen. Ein Tellariten-Frachter gibt der Besatzung die Koordinaten einer vollautomatischen Reparaturstation durch. Um die Arbeiten durchführen zu können, müssen die betroffenen Sektionen geräumt werden. Unterdessen lösen T'Pol (Jolene Blalock) und Reed (Dominic Keating) auf ihrer Erkundungstour der Station mehrere Sensoren aus und werden deshalb von der Brücke gebeamt. Mayweather (Anthony Montgomery) verschwindet plötzlich. Auf ihrer Suche findet die Crew eine große Anzahl von entführten humanoiden Wesen.