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Bei ihrem Flug durchs All entdeckt die Enterprise einen Planeten mit einer menschlichen Siedlung, die stark an den Wilden Westen erinnert. Archer (Scott Bakula) will herausfinden, wie Menschen auf diesen Planten gelangt sind und erfährt, dass der Planet eigentlich von den Skags bevölkert wird und Menschen dort als Sklaven gehalten werden. Archer kommt mit einer Frau in Kontakt, die sich strafbar macht, da sie als Lehrerin heimlich Unterricht hält. Als sie vom Deputy erwischt wird, sieht alles danach aus, als müsse sie für immer ins Gefängnis.

Nach einer Antriebs-Modifikation kann die Enterprise nun mit Warp 4,9 fliegen. Bei ihrem ersten Testflug gerät sie allerdings in ein polarisches Feld, was das Schiff vollkommen lahm legt. Und dann fällt auch noch Trip (Connor Trinneer) ins Koma. Phlox (John Billingsley) sieht nur eine Chance, ihn am Leben zu halten: Er erzeugt einen Klon von Trip. Der hat zwar nur eine Lebenszeit von 15 Tagen, könnte aber genug Nervenfasern für eine Gewebeverpflanzung liefern.

Daniels, ein Mann aus der Zukunft, berichtet Archer (Scott Bakula), dass im Jahr 2004 auf der Erde drei Xindi-Reptilianer entdeckt wurden. Als sich Archer und T'Pol (Jolene Blalock) auf die Suche machen, treffen sie auf einen Mann namens Loomis, der ein Geheimnis zu verbergen scheint. Unter Druck vertraut er Archer und T'Pol an, dass er den Xindi Menschen mit verschiedenen Blutgruppen liefern muss.

Als die Enterprise auf ein in Not geratenes Schiff stößt, holt Archer (Scott Bakula) deren Besatzung kurzerhand an Bord. Was er nicht ahnt: D'Jamat, der Captain des fremden Schiffes, hat in Wahrheit nur die Absicht, die Enterprise einzunehmen. Er droht damit, seine Crew zu töten, wenn Archer nicht kooperiert. Zur Demonstration lässt er sogar einen seiner Männer Selbstmord begehen, wobei auch ein Mitglied der Besatzung der Enterprise ums Leben kommt. Archer sieht keinen anderen Ausweg, als sein Schiff an D'Jamat zu übergeben.

Hoshi (Linda Park) kann das Signal der verwanzten Kimocite-Ladung orten und somit den Standort der Xindi-Waffe bestimmen. Auf dem Weg dorthin muss die Enterprise allerdings ein dichtes Anomalienfeld durchqueren, was zu großen Schäden am Schiff führt. In letzter Sekunde eilt der NX-01, das andorianische Schiff von Commander Shran, zur Hilfe, das die Enterprise mit einem Traktorstrahl aus dem Anomalienfeld zieht. Nun suchen die beiden Crews gemeinsam nach der Xindi-Waffe.

Nachdem es der Enterprise gelungen ist, ein Schiff der Xindi abzufangen, manipuliert Archer (Scott Bakula) einen der Gefangenen: Degra (Randy Oglesby), den Designer der Waffe. Archer erklärt ihm, dass sie drei Jahre lang zusammen in einem Insektoiden-Gefängnis inhaftiert waren und viele der Xindi in dieser Zeit ermordet wurden. Da Archer vorgibt, Degra bei der Suche nach seiner Familie zu helfen, nennt dieser ihm die Koordinaten der militärischen Anlage der Xindi. Als er allerdings begreift, dass er von Archer manipuliert wurde, kommt es zum Eklat.

Während die Enterprise ihren Flug nach Azati Prime fortsetzt, kommen sich MACO-Corporal Amanda Cole (Noa Tishby) und Trip (Connor Trinneer) bei einer Massage mit vulkanischer Neuropressur-Technik näher. Unterdessen ruft Captain Archer (Scott Bakula) Sicherheitschef Reed (Dominic Keating) in sein Büro und informiert ihn über ein spezielles Crewtraining zur Verbesserung der Sicherheit an Bord, das der Anführer der MACOs, Major Hayes, vorgeschlagen hat. Da Reed wenig begeistert auf Hayes Vorschlag reagiert, kommt es bald zum Machtkampf zwischen den beiden.

Auf ihren Weg nach Azati Prime stößt die Enterprise auf eine weitere transdimensionale Verzerrung. Das Umfliegen der Raumstörung würde mehrere Wochen dauern, weshalb Archer (Scott Bakula) beschließt hindurchzufliegen. Da die Anomalie den menschlichen Neo-Kortex beeinträchtigen würde, versetzte Dr. Phlox (John Billingsley) die gesamte Crew in einen Tiefschlaf. Wenig später hört Phlox, der nun ganz auf sich alleine gestellt ist, äußerst merkwürdige Geräusche.

Während ihres Flugs nach Azati Prime stößt die Enterprise auf einen Planeten mit einem abgestürztem Raumschiff der Xindi. Da keine Lebenszeichen zu empfangen sind, begibt sich Archer (Scott Bakula) mit einem Teil der Crew ins Innere des Xindi-Schiffs und findet dort eine Art Brutstätte. Um die unschuldigen Leben zu retten, will Archer die Brutstätte reparieren. Doch dafür müsste er die Antimaterie einsetzen, die eigentlich für die Konfrontation bei Azati Prime vorgesehen ist.

Die Enterprise hat Azati Prime erreicht. Um das Sensorfeld des Planeten, dessen Oberfläche fast nur aus Wasser besteht, zu durchdringen, manipuliert die Crew ein Insektoiden Schiff, das sich noch an Bord der NX-01 befindet. Am Grund des Meeres angekommen, entdecken Trip (Connor Trinneer) und Mayweather (Anthony Montgomery) schließlich die Waffe der Xindi. Obwohl die Waffe kurz vor ihrer Vollendung steht, könnte sie durch die Zündung der explosiven Komponente zerstört werden. Doch dieses Vorhaben gleicht einem Himmelfahrtskommando.

Die Enterprise wird von den Xindi beschossen und liegt nun mit ausgefallenem Triebwerk auf deren Präsentierteller. Da taucht plötzlich ein unbewaffnetes Schiff auf, das die Crew sofort in den Hangar holt. Als Reed (Dominic Keating) die Kapsel im Inneren öffnet, findet er den bewusstlosen Archer (Scott Bakula). Hoshi (Linda Park) und Mayweather (Anthony Montgomery) untersuchen die Kapsel der Meeresbewohner und entschlüsseln eine geheime Botschaft von Degra. Der will sich im Tarnfeld einer anderen Spähre mit Archer treffen. Doch dafür benötigt die Crew der Enterprise eine Warp-Spule.

Gerade noch rechtzeitig erreicht die Enterprise den von Degra genannten Treffpunkt. An Bord von Degras Schiff wartet auf Captain Archer (Scott Bakula) der misstrauische Anführer der Faultiere. Als Archer ihnen die Bilder dreier toter Reptilien aus der Vergangenheit zeigt, glauben sie ihm, dass die Reptilianer alle anderen Xindi-Spezies hintergehen. Bevor die drei ihr weiteres Vorgehen planen können, wird Degras Raumschiff allerdings von den Reptilianern angegriffen.

Die Enterprise erreicht einen Subraum-Korridor, durch den Archer (Scott Bakula) zu Degra (Randy Oglesby), und dem Rat der Xindi gelangen könnte. Dort treffen sie auf eine zweite Enterprise, deren Captain vorgibt, der Sohn von Trip und T'Pol zu sein. Als Archer ihm von seinem Vorhaben berichtet, warnt er die Crew davor, den Xindi-Subraum-Korridor zu durchfliegen, da sie dies über 100 Jahre in die Vergangenheit zurück katapultieren würden. Doch Archer will nicht aufgeben.

Gemeinsam mit Degra (Randy Oglesby), versucht Archer (Scott Bakula) den Rat der Xindi davon zu überzeugen, die Erde nicht anzugreifen. Kurz nachdem es ihnen gelungen ist, die Xindi umzustimmen, wird Degra allerdings von einem Reptilianer angegriffen und erstochen. Obwohl der Reptilianer in Wahrheit von einem Waffenbefürworter manipuliert wurde, stellen sich die Xindi erneut gegen die Menschen.

Während die Reptilianer ihre Waffe vollenden, muss Archer (Scott Bakula) die Aquarianer davon überzeugen, mit den Menschen zu kooperieren. So könnte auch Hoshi (Linda Park) gerettet werden, die von den Echsen entführt wurde, um den Startcode der Waffe zu entschlüsseln. Als die Reptilianer allerdings mitbekommen, dass Hoshi das Vorhaben sabotiert, injizieren sie ihr Parasiten, die sie gefügig machen. Kann es Hayes (Steven Culp) von der MACO-Einheit gelingen, Hoshi zu retten, ehe sie den Startcode verrät?

An Bord von Degras (Randy Oglesby), Schiff diskutieren Archer (Scott Bakula), Hoshi (Linda Park) und Reed (Dominic Keating) mit ihren neuen Verbündeten über die Vernichtung der Xindi-Waffe. Dazu muss es allerdings der stark geschwächten Hoshi gelingen, Degras Entwürfe der Waffe zu entschlüsseln. Unterdessen nimmt die NX-01 Kurs auf eine Sphäre, deren Anomalie tödlich für die Crew ist. So beschließt Archer, sich gemeinsam mit Hoshi, Reed und dem MACO-Team ins Innere der Waffe zu beamen.

Die Enterprise ist 200 Jahre in die Vergangenheit gereist. Doch die Geschichte ist manipuliert worden und die Nazis besetzten den Big Apple. Archer (Scott Bakula) erkennt, dass sich unter den Nazis Aliens befinden, die für die Veränderung der Geschichte verantwortlich sind. Die haben unter der Führung von Vosk (Jack Gwaltney) mit dem Bau einer Zeitmaschine begonnen, deren Einsatz die gesamte Zukunft für immer verändern würde. Da Mayweather (Anthony Montgomery) und Trip (Connor Trinneer) von den Aliens gefangen genommen wurden, heißt es friedlich vorzugehen.

Vosk (Jack Gwaltney) vereinbart mit Archer (Scott Bakula) die Auslieferung von Mayweather (Anthony Montgomery) und Trip (Connor Trinneer), wenn er ihm im Gegenzug hilft, einen Tunnel in seine Zeit zu bauen. Archer willigt ein und prompt werden die Besatzungsmitglieder zurück auf die Enterprise gebeamt. An Bord stellt sich allerdings heraus, dass es sich bei Trip in Wirklichkeit um Silk (John Fleck) handelt, der die Gestalt des Chefmechanikers angenommen hat. Als Vosk die Enterprise mit einer Plasmakanone beschießt, versucht Archer Silk zu einer Rettungsmission für Trip zu überreden.

Die Crew der Enterprise kehrt auf die Erde zurück. In einer Bar trifft Archer (Scott Bakula) auf seine alte Freundin Erika (Ada Maris), die inzwischen selbst Captain ist. Doch die Geschehnisse der letzten Jahre lassen Archer keine Ruhe. Bei einer Diskussion mit dem vulkanischen Botschafter Soval (Gary Graham), der Archer für das Schicksal der Crew der Seleya verantwortlich macht, rastet dieser aus und wird von Forrest (Vaughn Armstrong) aufgefordert, Urlaub zu nehmen. Unterdessen muss Phlox (John Billingsley) einsehen, dass Außerirdische auf der Erde nicht mehr überall willkommen sind.

Arik Soong (Brent Spiner), Ur-Ur-Großvater von Data-Erfinder Dr. Noonien Soong, stahl vor 20 Jahren Embryonen, die er genetisch verbesserte und das Volk der Augments erschuf. Als genau dieses Volk ein klingonisches Schiff kapert und die Besatzung tötet, nimmt die Enterprise die Verfolgung auf. Dabei wird die Crew der Enterprise allerdings im Borderland vom Volk der Orions angegriffen und als Sklaven verkauft. Kann Archer (Scott Bakula) mit Soongs Hilfe seine Crew aus den Fängen der Orions befreien?

Der "Mann aus dem Eis" birgt immer noch Überraschungen. 1991 gefunden, sind noch längst nicht alle Details aus Ötzis Lebensgeschichte entdeckt.

Es gibt viele phantasievolle Namen für Objekte und Phänomene im All: weiße Zwerge, rote Riesen, Cepheiden, Quasare, Pulsare.

Nach dem Ausfall eines Plasmainjektors droht der Enterprise die Flugunfähigkeit. Um den Defekt schnellstmöglich zu beheben steuert sie die Heimatwelt der Kreetassen an, um dort ein Ersatzgerät zu erwerben. Archer (Scott Bakula) nimmt seinen Hund Porthos zu einem diplomatischen Treffen mit, der dort für einen Eklat sorgt: Er markiert den heiligen Baum der Bewohner. Zu allem Übel stellt Dr. Phlox (John Billingsley) beim Scan der Planetbesucher fest, dass der Hund ein Pathogen gefressen hat, dass sein Immunsystem derart schwächt, dass vorerst er auf der Quarantänestation behandelt werden muss.

Um ihre Vorräte an Deuterium aufzufüllen, fliegen Captain Archer (Scott Bakula), T'Pol (Jolene Blalock) und Tucker (Connor Trinneer) zu einem fremden Planeten. Obwohl dort die Deuteriumvorkommen rar sind, gelingt es Archer den Handel mit dem Anführer der Siedler, Tessic (Larry Cedar), abzuschließen. Die Kolonie ist trotz der florierenden Geschäfte arm geblieben. Der Grund: Räuberische Klingonen fallen über die Kolonie her und stehlen die wertvollen Ressourcen.

T-Pol (Jolene Blalock), Mayweather (Anthony Montgomery) und Captain Archer (Scott Bakula) machen Jagd auf einen flüchtigen, kriminellen Vulkanier namens Menos - ein alter Bekannter T'Pols. Vor Jahren ließ T'Pol bereits einen anderen Vulkanier erschießen. Als sich Menos Captain Archer anvertraut und berichtet, dass die Vulkanier nur Opfer eines Systems und in Wirklichkeit unschuldig sind, kommen dem Trio Zweifel an der Richtigkeit ihrer Mission.

Als Reed (Dominic Keating), Captain Archer (Scott Bakula) und Sato (Linda Park) einen Planeten der Prä-Warp-Gesellschaft untersuchen, kommt Reeds Kommunikator abhanden. Das Trio beschließt auf den Planeten zurückzukehren, um das verschwundene Gerät zu suchen, doch innerhalb kürzester Zeit werden sie dabei von mehreren Uniformierten festgenommen. Sie halten die Eindringlinge für Spione einer feindlichen Supermacht. Können Archer, Reed und Sato den Befehlshaber der Prä-Warp-Gesellschaft von den wahren Gründen ihrer Mission überzeugen?

Als die Enterprise Kurs auf ein mysteriöses schwarzes Loch nimmt, beginnen sich die Crewmitglieder plötzlich recht eigenartig zu benehmen: Tucker (Connor Trinneer) versucht unermüdlich, Archers (Scott Bakula) Sessel zu optimieren, Reed (Dominic Keating) müht sich um die Verbesserung des Sicherheitssystems, Sato (Linda Park) will das perfekte Gericht kochen und Captain Archer sucht hartnäckig nach Worten für einen Text, den jeder versteht… Einzig T'Pol (Jolene Blalock) bleibt von den Veränderungen verschont und sucht nun nach der Ursache des rätselhaften Phänomens.

Als ein heftiger Sturm aufzieht, der mit polarischer Energie aufgeladen ist, müssen Tucker (Connor Trinneer) und Sato (Linda Park) in kürzester Zeit ihre Erkundungsmission auf einem fremden Planeten abbrechen. Beide werden scheinbar unversehrt an Bord der Enterprise zurück gebeamt, doch Sato fürchtet, der Transport habe die Moleküle ihres Körpers in Unordnung gebracht.

Ein außerirdisches Frachtschiff bittet die Enterprise um Unterstützung bei der Reparatur eines technischen Defekts. Während Captain Archer (Scott Bakula) den beiden Besatzungsmitgliedern, Plinn und Goff, Zugang zur Enterprise gewährt, begibt sich Trucker (Connor Trinneer) ins Innere des fremden Frachters. Dabei stößt er auf eine außergewöhnliche Fracht: Eine junge Frau, die sich in Statis befindet, um den langen Flug zu überstehen. Doch Trucker deaktiviert versehentlich die Kammer und ist gezwungen, die Insassin herauszuholen. Plinn und Goff verlieren die Fassung.

Eine neutronische Wellenfront nähert sich mit riesiger Geschwindigkeit der Enterprise. Um vor der lebensgefährlichen Strahlung geschützt zu sein, entscheiden die Senioroffiziere, die gesamte Mannschaft in den abgeschirmten Wartungsschächten des Schiffs unterzubringen, die als Catwalk bekannt sind. Nach einiger Zeit sorgt die beklemmende Stimmung bei einigen Crewmitgliedern jedoch für sonderbare Verhaltenszüge.

Tucker (Connor Trinneer) unternimmt Tests an einem Shuttle, als ein fremdes Schiff auf ihn feuert. Tucker kann auf einem nahe gelegenem Mond notlanden, doch kurz bevor er der Enterprise seinen Standort durchgeben kann, stiehlt ihm ein Außerirdischer seinen Transceiver… Was Trucker nicht weiß: Wenn die Sonne über dem Mond aufgeht, steigt die Temperatur auf der Oberfläche ins Unermessliche.

Da sich T'Pol (Jolene Blalock) mit dem Pa'nar-Syndrom infiziert hat, fragt Doktor Phlox (John Billingsley) vulkanische Ärzte um Rat. Obwohl die Vulkanier alle mit Pa'nar erkrankten Lebewesen zutiefst verachten, lassen sie sich auf ein Treffen ein. Was keiner ahnt: Den Vulkaniern geht es bei ihrem Besuch gar nicht um Informationsaustausch. Sie sind lediglich an T'Pols genetischem Material interessiert.