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Skalaar überredet Captain Archer (Scott Bakula) dazu, ihn an Bord der Enterprise treffen zu dürfen. Kaum angekommen, überwältigt er Trip (Connor Trinneer) und entführt Archer. Der Grund: Skallar benötigt dringend Geld, um sein beschlagnahmtes Schiff wiederzuerhalten. Da kommt ihm das hohe Kopfgeld, das die Klingonen auf Archers Kopf ausgesetzt haben, gerade Recht.

Ein verheerender Angriff auf Amerika kostet mehr als sieben Millionen Menschen das Leben. Schuld sind die Xindi, eine unbekannte Spezies, die mit einer Art Laserstrahl einen tiefen Graben von Florida nach Venezuela gezogen haben. Als Archer (Scott Bakula) erfährt, dass die Xinti die Erde nur angegriffen haben, um in naher Zukunft nicht selbst den Menschen zum Opfer zu fallen, versucht er den Sachverhalt zu klären.

Captain Archer (Scott Bakula) ist entschlossen, die Xindi zu finden und mit ihnen zu verhandeln. Doch dafür benötigt er die Koordinaten ihres Heimatplaneten. Von einem Vorarbeiter erfährt Archer, dass in den Minen ein Xindi namens Kessick arbeitet. Als es zum Gespräch zwischen den beiden kommt, fordert dieser allerdings eine hohe Gegenleistung für die Nennung der Koordinaten: seine Befreiung aus den Minen.

Die Crew der Enterprise ist beunruhigt, da sie eine Anomalie in der Ausdehnung festgestellt haben. Da stoßen sie auf ein unbekanntes Flugobjekt, das führungslos im All herumtreibt. Als McKenzie (Julia Rose), Hawkins (Sean McGowan) und Archer (Scott Bakula) das fremde Raumschiff betreten, müssen sie feststellen, dass die gesamte Besatzung tot ist und das Schiff geplündert wurde. Da taucht plötzlich ein weiteres Raumschiff auf, dessen Crew sich ungefragt auf die Enterprise beamt.

Da Archer (Scott Bakula) den Kurs der Xindi rekonstruieren konnte, macht er sich auf zum letzten Planeten, den die fremde Spezies besucht hat. Gemeinsam mit T'Pol (Jolene Blalock), Reed (Dominic Keating) und Hoshi (Linda Park) begibt er sich an die Oberfläche des Planeten und findet dort neben einer Landefähre eine Menge Leichen. Da beginnen Hoshi, Archer und Reed sich plötzlich zu verwandeln und zwar nicht nur im Aussehen, sondern auch im Verhalte. In letzter Sekunde gelingt es T'Pol einen Notruf zu senden, ehe der Kontakt zur Enterprise abbricht.

Um Informationen über die Biowaffen der Xindi zu erhalten, macht sich Archer (Scott Bakula) auf zum Chemiker B'Rat. Der verweist Archer wiederrum an den Sklavenhändler Zjod, der die Xindi sehr genau zu kennen scheint. Als Archer den Sklavenhändler gemeinsam mit Trip (Connor Trinneer) und Reed (Dominic Keating) beehrt, versucht eine Sklavin die Besucher zu manipulieren.

Die Crew der Enterprise erreicht ein Notruf, der vom vulkanischen Schiff "Seleya" abgesetzt wurde. Als sich Archer (Scott Bakula), T'Pol (Jolene Blalock), Reed (Dominic Keating) und Hawkins (Sean McGowan) an Bord des Schiffs begeben, werden sie aus dem Nichts von den Vulkaniern angegriffen. Die haben sich allerdings in aggressive, zombieartige Kreaturen verwandelt.

Obwohl es keinerlei Hinweise auf einen Eindringling gibt, taucht in Hoshis (Linda Park) Quartier plötzlich ein Unbekannter auf. T'Pols (Jolene Blalock) Nachforschungen ergeben, dass es sich bei dem Fremden um eine telepathische Erscheinung aus einer zweiten Sphäre handelt. Der 400 Jahre alte Mann, der eigentlich auf einem mehrere Lichtjahre entfernten Planten lebt, verspricht Hoshi wertvolle Informationen über die Xindi. Doch dafür muss Hoshi für den Rest ihres Lebens auf seinen Planten ziehen.

Die Enterprise erreicht den Planeten, auf dem die Xindi die wohl wichtigste Substanz ihrer Waffe produzieren. Archer (Scott Bekula), Reed (Dominic Keating) und Major J. Hayes (Steven Culp) begeben sich auf die Oberfläche des Planten und treffen dabei auf Gralik, den Cheftechniker der Xindi. Sie erfahren, dass dieser sich gar nicht über die Ausmaße seines Handelns und die Gewalt der Waffe bewusst war. Von nun an will er Archer unterstützen und den Tod weitere unschuldiger Menschen verhindern.

Archers (Scott Bakula) Gehirn wird von Parasiten befallen, so dass er sich nicht mehr erinnern kann, was seit der Infektion geschehen ist. Dies hat zur Folge, dass Trip (Connor Trinneer) fortan das Kommando auf der Enterprise übernimmt… Nach zwölf Jahren glaubt Dr. Phlox (John Billingsley) ein Heilmittel gefunden zu haben. Er will mit einem Anti-Protonenstrahl die Parasiten aus Archers Gehirn entfernen. Doch bevor Archer vollständig geheilt werden kann, wird die Enterprise von den Xindi angegriffen.

Bei ihrem Flug durchs All entdeckt die Enterprise einen Planeten mit einer menschlichen Siedlung, die stark an den Wilden Westen erinnert. Archer (Scott Bakula) will herausfinden, wie Menschen auf diesen Planten gelangt sind und erfährt, dass der Planet eigentlich von den Skags bevölkert wird und Menschen dort als Sklaven gehalten werden. Archer kommt mit einer Frau in Kontakt, die sich strafbar macht, da sie als Lehrerin heimlich Unterricht hält. Als sie vom Deputy erwischt wird, sieht alles danach aus, als müsse sie für immer ins Gefängnis.

Nach einer Antriebs-Modifikation kann die Enterprise nun mit Warp 4,9 fliegen. Bei ihrem ersten Testflug gerät sie allerdings in ein polarisches Feld, was das Schiff vollkommen lahm legt. Und dann fällt auch noch Trip (Connor Trinneer) ins Koma. Phlox (John Billingsley) sieht nur eine Chance, ihn am Leben zu halten: Er erzeugt einen Klon von Trip. Der hat zwar nur eine Lebenszeit von 15 Tagen, könnte aber genug Nervenfasern für eine Gewebeverpflanzung liefern.

Daniels, ein Mann aus der Zukunft, berichtet Archer (Scott Bakula), dass im Jahr 2004 auf der Erde drei Xindi-Reptilianer entdeckt wurden. Als sich Archer und T'Pol (Jolene Blalock) auf die Suche machen, treffen sie auf einen Mann namens Loomis, der ein Geheimnis zu verbergen scheint. Unter Druck vertraut er Archer und T'Pol an, dass er den Xindi Menschen mit verschiedenen Blutgruppen liefern muss.

Als die Enterprise auf ein in Not geratenes Schiff stößt, holt Archer (Scott Bakula) deren Besatzung kurzerhand an Bord. Was er nicht ahnt: D'Jamat, der Captain des fremden Schiffes, hat in Wahrheit nur die Absicht, die Enterprise einzunehmen. Er droht damit, seine Crew zu töten, wenn Archer nicht kooperiert. Zur Demonstration lässt er sogar einen seiner Männer Selbstmord begehen, wobei auch ein Mitglied der Besatzung der Enterprise ums Leben kommt. Archer sieht keinen anderen Ausweg, als sein Schiff an D'Jamat zu übergeben.

Hoshi (Linda Park) kann das Signal der verwanzten Kimocite-Ladung orten und somit den Standort der Xindi-Waffe bestimmen. Auf dem Weg dorthin muss die Enterprise allerdings ein dichtes Anomalienfeld durchqueren, was zu großen Schäden am Schiff führt. In letzter Sekunde eilt der NX-01, das andorianische Schiff von Commander Shran, zur Hilfe, das die Enterprise mit einem Traktorstrahl aus dem Anomalienfeld zieht. Nun suchen die beiden Crews gemeinsam nach der Xindi-Waffe.

Nachdem es der Enterprise gelungen ist, ein Schiff der Xindi abzufangen, manipuliert Archer (Scott Bakula) einen der Gefangenen: Degra (Randy Oglesby), den Designer der Waffe. Archer erklärt ihm, dass sie drei Jahre lang zusammen in einem Insektoiden-Gefängnis inhaftiert waren und viele der Xindi in dieser Zeit ermordet wurden. Da Archer vorgibt, Degra bei der Suche nach seiner Familie zu helfen, nennt dieser ihm die Koordinaten der militärischen Anlage der Xindi. Als er allerdings begreift, dass er von Archer manipuliert wurde, kommt es zum Eklat.

Während die Enterprise ihren Flug nach Azati Prime fortsetzt, kommen sich MACO-Corporal Amanda Cole (Noa Tishby) und Trip (Connor Trinneer) bei einer Massage mit vulkanischer Neuropressur-Technik näher. Unterdessen ruft Captain Archer (Scott Bakula) Sicherheitschef Reed (Dominic Keating) in sein Büro und informiert ihn über ein spezielles Crewtraining zur Verbesserung der Sicherheit an Bord, das der Anführer der MACOs, Major Hayes, vorgeschlagen hat. Da Reed wenig begeistert auf Hayes Vorschlag reagiert, kommt es bald zum Machtkampf zwischen den beiden.

Die 17-jährige Bella (Kristen Stewart) zieht aus der Großstadt zu ihrem Vater in das verregnete Forks im US-Bundesstaat Washington. An ihrem ersten Tag in der neuen Schule verliebt sie sich Hals über Kopf in den gut aussehenden und geheimnisvollen Edward (Robert Pattinson). Der erwidert zunächst nur zögernd ihre Gefühle, hat er doch ein dunkles Geheimnis: Er ist ein Vampir. Trotzdem entwickelt sich zwischen den beiden eine leidenschaftliche Liebesbeziehung. Als weitere Vampire in Forks auftauchen, passiert jedoch, was Edward von Anfang an befürchtete: Seine Liebe bringt Bella in Lebensgefahr.

In Teil 2 seiner Neuerfindung der Sci-Fi-Reihe schickt Action-Mastermind J.J. Abrams ("Star Wars: Das Erwachen der Macht") der Enterprise-Crew um Captain Kirk einen alten Angstgegner auf den Hals.

Harald Lesch nimmt die Zuschauer mit auf eine Forschungsreise in die Geschichte des Mondes - und damit auch in die Geschichte der Erde.

Während die Enterprise ihren Flug nach Azati Prime fortsetzt, kommen sich MACO-Corporal Amanda Cole (Noa Tishby) und Trip (Connor Trinneer) bei einer Massage mit vulkanischer Neuropressur-Technik näher. Unterdessen ruft Captain Archer (Scott Bakula) Sicherheitschef Reed (Dominic Keating) in sein Büro und informiert ihn über ein spezielles Crewtraining zur Verbesserung der Sicherheit an Bord, das der Anführer der MACOs, Major Hayes, vorgeschlagen hat. Da Reed wenig begeistert auf Hayes Vorschlag reagiert, kommt es bald zum Machtkampf zwischen den beiden.

Auf ihren Weg nach Azati Prime stößt die Enterprise auf eine weitere transdimensionale Verzerrung. Das Umfliegen der Raumstörung würde mehrere Wochen dauern, weshalb Archer (Scott Bakula) beschließt hindurchzufliegen. Da die Anomalie den menschlichen Neo-Kortex beeinträchtigen würde, versetzte Dr. Phlox (John Billingsley) die gesamte Crew in einen Tiefschlaf. Wenig später hört Phlox, der nun ganz auf sich alleine gestellt ist, äußerst merkwürdige Geräusche.

Während ihres Flugs nach Azati Prime stößt die Enterprise auf einen Planeten mit einem abgestürztem Raumschiff der Xindi. Da keine Lebenszeichen zu empfangen sind, begibt sich Archer (Scott Bakula) mit einem Teil der Crew ins Innere des Xindi-Schiffs und findet dort eine Art Brutstätte. Um die unschuldigen Leben zu retten, will Archer die Brutstätte reparieren. Doch dafür müsste er die Antimaterie einsetzen, die eigentlich für die Konfrontation bei Azati Prime vorgesehen ist.

Die Enterprise hat Azati Prime erreicht. Um das Sensorfeld des Planeten, dessen Oberfläche fast nur aus Wasser besteht, zu durchdringen, manipuliert die Crew ein Insektoiden Schiff, das sich noch an Bord der NX-01 befindet. Am Grund des Meeres angekommen, entdecken Trip (Connor Trinneer) und Mayweather (Anthony Montgomery) schließlich die Waffe der Xindi. Obwohl die Waffe kurz vor ihrer Vollendung steht, könnte sie durch die Zündung der explosiven Komponente zerstört werden. Doch dieses Vorhaben gleicht einem Himmelfahrtskommando.

Die Enterprise wird von den Xindi beschossen und liegt nun mit ausgefallenem Triebwerk auf deren Präsentierteller. Da taucht plötzlich ein unbewaffnetes Schiff auf, das die Crew sofort in den Hangar holt. Als Reed (Dominic Keating) die Kapsel im Inneren öffnet, findet er den bewusstlosen Archer (Scott Bakula). Hoshi (Linda Park) und Mayweather (Anthony Montgomery) untersuchen die Kapsel der Meeresbewohner und entschlüsseln eine geheime Botschaft von Degra. Der will sich im Tarnfeld einer anderen Spähre mit Archer treffen. Doch dafür benötigt die Crew der Enterprise eine Warp-Spule.

Gerade noch rechtzeitig erreicht die Enterprise den von Degra genannten Treffpunkt. An Bord von Degras Schiff wartet auf Captain Archer (Scott Bakula) der misstrauische Anführer der Faultiere. Als Archer ihnen die Bilder dreier toter Reptilien aus der Vergangenheit zeigt, glauben sie ihm, dass die Reptilianer alle anderen Xindi-Spezies hintergehen. Bevor die drei ihr weiteres Vorgehen planen können, wird Degras Raumschiff allerdings von den Reptilianern angegriffen.

Die Enterprise erreicht einen Subraum-Korridor, durch den Archer (Scott Bakula) zu Degra (Randy Oglesby), und dem Rat der Xindi gelangen könnte. Dort treffen sie auf eine zweite Enterprise, deren Captain vorgibt, der Sohn von Trip und T'Pol zu sein. Als Archer ihm von seinem Vorhaben berichtet, warnt er die Crew davor, den Xindi-Subraum-Korridor zu durchfliegen, da sie dies über 100 Jahre in die Vergangenheit zurück katapultieren würden. Doch Archer will nicht aufgeben.