Wohl eine der legendärsten Fernsehserien aller Zeiten. Raumschiff Enterprise spielt im 23. Jahrhundert, zu einer Zeit, in der die Menschheit den Dritten Weltkrieg hinter sich hat und sich in friedlicher Koexistenz mit anderen außerirdischen Lebensformen zur „Vereinigten Föderation der Planeten“ zusammengeschlossen hat.
Die Forschungs- und Militärabteilung, auch „Sternenflotte“ genannt, hat die Aufgabe, fremde Planeten und Galaxien zu erkunden, diplomatische Missionen durchzuführen und unbekannte Lebensformen kennenzulernen. Sie schickt ihr Raumschiff Enterprise unter der Leitung von Captain James T. Kirk (William Shatner) mit einer Besatzung von 430 Männern und Frauen zu einer auf fünf Jahre angelegten Reise ins Weltall. Zusammen mit seinen engsten Crewmitgliedern, dem Vulkanier und Ersten und wissenschaftlichen Offizier Mr. Spock (Leonard Nimoy), Schiffsarzt Dr. Leonard „Pille“ McCoy (DeForest Kelly), Chef-Ingenieur Montgomery „Scotty“ Scott (James Doohan), Steuermann Lieutenant Hikaru Sulu (George Takei), Kommunikationsoffizier Lieutenant Nyota Uhura (Nichelle Nichols) und Navigator Pavel Andreievich Chekov (Walter Koenig) erlebt er die fantastischsten und kuriosesten Abenteuer.
Kirk, McCoy und Spock werden von den Vianern gefangen genommen. Eine schöne, stumme Frau teilt ihre Lage. Sie ist eine Empathin und kann die Gefühle anderer spüren und in sich aufnehmen. Als Kirk gefoltert wird, rettet sie ihn, indem sie seine Schmerzen auf sich überträgt.
Die Föderation entsendet die Enterprise, um bei den Friedensverhandlungen zwischen den Planeten Elas und Troyius zu helfen. Der Vertrag soll durch eine Hochzeit zweier Anführer der Planeten besiegelt werden. Kirk soll Elaan, die zukünftige Braut, nach Troyius eskortieren. Dabei muss der Captain nicht nur mit einem Saboteur an Bord fertig werden. Die Enterprise wird außerdem von Klingonen angegriffen.
Die Föderation unterhält auf Elba II ein Sanatorium für Geisteskranke. Dort ist auch der ehemalige Flottenkommandant Garth untergebracht. Er träumt davon, Herrscher des Universums zu werden. Durch einen Trick nimmt er Kirk und Spock gefangen.
Die Enterprise nimmt den Humanoiden Lokai vom Planeten Cheron an Bord. Es handelt sich um einen schwarz-weißen Mutanten. Kurz darauf stellt Kirk fest, dass ein zweiter Mutant namens Bele auf unerklärliche Weise an Bord gekommen ist. Er verlangt Lokais Auslieferung.
Kirk folgt einer Einladung auf den Planeten Gideon. Durch einen rätselhaften Transporterunfall findet er sich plötzlich auf der menschenleeren Enterprise wieder. Dort trifft er auf Odona, ein Mädchen, das ebenfalls nicht weiß, wie sie an Bord des Schiffes gekommen ist. Nach kurzer Zeit erkrankt Odona an einer tödlichen Virusinfektion. Fieberhaft versucht Kirk, Licht in die rätselhaften Vorkommnisse zu bringen.
Ein Team der Enterprise beamt sich auf einen unbekannten Planeten. Dort treffen sie auf die wunderschöne Losira, die sofort zwei Crewmitglieder tötet, indem sie sie nur berührt. Gleichzeitig wird die Enterprise durch ein Raumbeben in eine andere Galaxis geschleudert. Kirk, Sulu und McCoy bleiben auf dem fremden Planeten zurück.
Die Enterprise bringt Lieutenant Romaine zur Zentralbibliothek der Föderation auf Memory Alpha. Da gerät das Schiff in einen rätselhaften Energiesturm. Dessen bunte Wirbel entpuppen sich als fremde körperlose Wesen vom Planeten Zetar. Sie dringen in Romaines Körper ein und nehmen von ihm Besitz. Nur der Aufenthalt in einer Druckkammer kann die junge Frau jetzt noch retten.
Auf der Enterprise ist ein tödliches Fieber ausgebrochen. Auf der Suche nach einem Gegenmittel stoßen Kirk, Spock und Dr. McCoy auf einen geheimnisvollen Mann namens Flint. Der hochintelligente Eremit erzählt den Besuchern eine unglaubliche Geschichte: Er sei unsterblich, habe viele Jahrhunderte auf der Erde gelebt und dort verschiedene Persönlichkeiten wie beispielsweise Brahms und Leonardo da Vinci angenommen.
Die Enterprise verfolgt das gestohlene Schiff Aurora. Die Crew kann die Diebe gerade noch retten, bevor die Aurora zerstört wird. Ihr Anführer, Dr. Sevrin, ist auf der Suche nach dem Planeten Eden, auf dem paradiesische Zustände herrschen sollen. Als Spock entdeckt, wo sich der geheimnisvolle Planet befindet, übernehmen Sevrin und seine Männer die Kontrolle über das Schiff.
Der Planet Merak II ist von einer Seuche befallen. Die Crew der Enterprise reist auf den Planeten Ardana, um dort Zienit zu besorgen, ein seltenes Mineral, das die Seuche stoppen könnte. Doch ihr Plan gestaltet sich schwierig, da auf Ardana die Bergarbeiter streiken. Die müssen als rechtlose Sklaven unter Tage schuften, und sind nicht länger gewillt, mit ihrer Arbeit die hoch oben in Wolkenpalästen lebende Elite zu erhalten.
Die Enterprise erforscht einen scheinbar toten Planeten. Doch plötzlich zeigen die Sensoren ein anderes Bild und es herrschen dort ideale Lebensbedingungen. Einer der Bewohner nimmt Kontakt mit Kirk auf: Es handelt sich um Präsident Lincoln. Kirk und Spock nehmen seine Einladung auf den Planeten an. Dort treffen sie auf eine Kreatur namens Yarnek, die von ihnen verlangt, an einem Kampf zwischen Gut und Böse teilzunehmen.
Eine Supernova droht den Planeten Sapreidon zu vernichten. Kirk, Spock und McCoy finden heraus, dass die Bewohner durch ein Zeitportal in die Vergangenheit geflohen sind. Durch ein Versehen geraten auch Spock und Pille in das Zeitportal. Sie werden 5000 Jahre zurück in eine Eiszeit geschickt.
Dr. Janice Lester, eine ehemalige Freundin Kirks, hegt einen tiefen Groll gegen den Captain, da sie selbst nie ein Schiff kommandieren durfte. Durch einen Notruf lockt sie die Enterprise nach Camus II. Dort gelingt es ihr, ihren Körper mit dem von Kirk zu vertauschen.
Eine Frau erscheint auf der Brücke der Enterprise und versetzt die Crew in tiefe Bewusstlosigkeit. Als die Mannschaft wieder erwacht, liegt Spocks auf der Krankenstation. Er lebt, doch sein Gehirn wurde völlig entfernt. Sofort nimmt die Enterprise die Verfolgung der Diebin auf.
Captain Kirk reagiert völlig überraschend ausgesprochen gereizt und irrational. Er steuert die neutrale Zone an. Prompt gerät die Enterprise in Konflikt mit den Romulanern. Kirk und Spock beamen auf eines der romulanischen Schiffe. Da erklärt Spock, zu den Romulanern überlaufen zu wollen.
Die Enterprise untersucht einen Planeten, der kurz vor der Zerstörung steht. Dabei finden sie einen Obelisken. Plötzlich ist Kirk verschwunden. Die anderen müssen den Planeten aber wieder verlassen. Als Kirk wieder auftaucht, ist er ohne Erinnerung.
Alle Mitglieder der Forschungsexpedition auf dem Planeten Triados haben offenbar Selbstmord begangen. Kirk findet nur noch deren Kinder vor. Sie werden an Bord der Enterprise gebeamt und Kirk versucht herauszufinden, was wirklich passiert ist. Indessen bringen die Kinder das Schiff unter ihre Kontrolle. Offenbar stehen sie unter dem Einfluss einer fremden Macht.
Kollos, der Botschafter der Medusen, kommt an Bord der Enterprise. Der Besuch ist nicht ungefährlich, denn wer ihn mit bloßen Augen ansieht, verfällt sofort dem Wahnsinn. Koloss wird von einer blinden Telepathin begleitet. Deren Partner wird jedoch von heftiger Eifersucht gequält. Er will den Botschafter töten und löst dadurch eine Katastrophe aus.
Trotz Warnung landet Kirk auf dem Planeten der Melkoten. Diese verurteilen Kirk, Spock, Scotty, McCoy und Chekov zum Tode. Zu ihrem Erstaunen finden sie sich im Jahr 1881 in Tombstone, Arizona, wieder. Sie müssen als die Clantons im berühmten Showdown gegen die legendären Earp-Brüder antreten.
Die Enterprise reagiert auf einen Notruf und stößt auf ein beschädigtes Klingonenschiff. Die Klingonen beschuldigen Kirk, für den Schaden verantwortlich zu sein. Bald stellt sich heraus, dass beide Schiffe einen gefälschten Notruf empfangen haben. Ein bösartiges Wesen, das sich von Hass ernährt, steckt dahinter. Es lässt die Enterprise-Crew und die Klingonen immer aggressiver werden. Schließlich kommt es zum Kampf.
Der künstlichen Asteroiden Yonada droht mit einem Planeten zusammenzustoßen. Im Inneren leben Humanoide, deren Vorfahren das Asteroiden-Schiff entwarfen, um der Zerstörung ihres Sonnensystems zu entkommen. Kirk und sein Team eilen den Bewohnern zur Hilfe. Dabei verliebt sich McCoy, der erfahren hat, dass er nur noch ein Jahr zu leben hat, in die Anführerin Natira.
Die Enterprise reagiert auf einen Notruf der U.S.S. Defiant. Doch die Crew kommt zu spät: Die Mannschaft ist tot. Es scheint, als hätten sie sich im Wahn gegenseitig getötet. Plötzlich verschwindet die Defiant mit Kirk an Bord in einem Paralleluniversum. Da wird auch die Crew der Enterprise vom Wahnsinn befallen.
Kirk, Dr. McCoy und Spock beamen auf den Planeten Platonius, der der griechischen Antike ähnelt. Die Bewohner verfügen über große psychokinetische Fähigkeiten, können aber an kleinsten körperlichen Verletzungen sterben. Parmen, der sterbenskranke König des Planeten, will Dr. McCoy deshalb nicht wieder gehen lassen. Mit seinen Kräften versucht er der Enterprise-Crew seinen Willen aufzwingen.
Seit dem Besuch auf dem scheinbar entvölkerten Planeten Scalos geschehen seltsame Dinge an Bord der Enterprise. Dabei ist immer ein merkwürdiges Summen zu hören. Unsichtbare Fremde haben sich an Bord geschmuggelt und sabotieren die Sauerstoffversorgung des Schiffes.
Während eines Routinefluges werden Kirk, Lieutenant Uhura und Chekov von einem fremden Transporterstrahl erfasst und auf den Planeten Triskelion gebeamt. Die drei finden sich in einer fremden, barbarischen Welt wieder. Sie werden zu Sklaven gemacht und sollen als Gladiatoren ausgebildet werden. Kirks Lehrmeisterin Shana verliebt sich in den Captain.
Kirk, Spock und McCoy beamen auf den Planeten Ioatia. Dort stoßen sie zu ihrem Erstaunen auf eine Kultur, die wie im Chicago der 30er-Jahre lebt. Prompt geraten die drei in einen Bandenkrieg. Sie versuchen, die Gangster mit ihren eigenen Waffen zu schlagen.
Die Enterprise erhält den Auftrag herauszufinden, warum der Kontakt zum Sternensystem 7A unterbrochen wurde. Auch zur U.S.S. Intrepid besteht keine Kommunikation mehr. Kurz vor ihrem Ziel wird die Enterprise von einem gigantischen dunklen Loch angezogen. Spock findet heraus, dass es sich bei dem dunklen Loch um eine riesige amöbenartige Lebensform handelt, die fremde Organismen einsaugt und von deren Energie lebt.
Die Enterprise besucht einen der Erde ähnlichen Planeten. Die Bewohner befinden sich noch auf einer niedrigen Entwicklungsstufe. Kirk ist erstaunt, dass die ursprünglich friedliebenden Bewohner mit Gewehren ausgerüstet sind. Das Rätsel löst sich schnell, als die Crew auf Klingonen trifft.
Die U.S.S. Enterprise empfängt einen mysteriösen Hilferuf von einem Planeten, der schon lange als unbewohnt gilt. Kirk beamt mit einem Team auf die Oberfläche. Dort nehmen drei Energiewesen die Körper von Kirk, Spock und Dr. Mulhall in Besitz. Sie wollen menschenähnliche Roboter bauen, um weiterleben zu können.
Kirk und Spock suchen den vermissten John Gill, den Vertreter der Föderation auf Ekos. Sie finden heraus, dass sich Gill zum Führer der Ekosianer ernannt hat. Er etablierte einen Staat nach dem Vorbild des Nazi-Regimes. Kirk und Spock geraten in die Gewalt der Nazis.
Seltsame Funksignale locken die Enterprise zu einem kleinen Planeten. Doch Captain Kirk und seine Crew werden in eine Falle gelockt. Die Fremden entpuppen sich als Kelvaner aus der Andromeda-Galaxie. Sie wollen untersuchen, ob sich diese Galaxie zur Besiedelung eignet. Da ihr eigenes Schiff zerstört wurde, wollen sie die Enterprise übernehmen, um den 300 Jahre dauernden Heimweg antreten zu können.
Im Orbit des Planeten Omega IV trifft die U.S.S. Enterprise auf die herrenlose U.S.S. Exeter, deren Crew offenbar einem tödlichen Virus erlag. Einzig Captain Tracey konnte sich auf den Planeten retten. Dort unterstützt er das Volk der Khoms in ihrem Kampf gegen die Yangs. Dadurch verletzt er ein ehernes Gesetz der Föderation, das jede Einmischung in die Angelegenheiten fremder Planeten verbietet.
Das M5 Multitronic Computer System wurde entwickelt, um Raumschiffe künftig ohne Besatzung zu steuern. Die Crew der Enterprise soll das neue System in Anwesenheit des Erfinders Dr. Daystrom testen. Nach einem reibungslosen Start kommt es schon bald zu Problemen. Das System entwickelt ein gefährliches Eigenleben. Um seine Abschaltung zu verhindern, greift es sogar das eigene Schiff an.
Der Captain eines verunglückten Raumschiffes der Sternenflotte herrscht als Despot nach römischen Vorbild auf einem fernen Planeten. Zur Belustigung des unterdrückten Volkes veranstaltet er Gladiatorenkämpfe. Auch Kirk, Spock und McCoy müssen in der Arena kämpfen.
Bei einer Zeitreise ins 20. Jahrhundert stößt die Enterprise auf den mysteriösen Felix Sevenrock. Er behauptet, von Außerirdschen aufgezogen worden zu sein. Er soll die Menschheit vor den Fehlern des Atomzeitalters bewahren. Kirk und Spock misstrauen dem Fremden.
Spock benimmt sich seit einigen Tagen recht seltsam und neigt zu Wutausbrüchen. Er bittet Kirk um Urlaub, will aber den Grund dafür nicht nennen. Erst nachdem die Enterprise Spock nach Vulkan gebracht hat, klärt dieser die Situation auf: Er befindet sich in einem Zustand namens "Pon Farr". Er muss sich jetzt eine Partnerin wählen oder sterben.
Die Enterprise erforscht den Planeten Pollux IV. Plötzlich hält eine gewaltige Hand das Schiff fest. Ein riesiger Kopf erscheint im All und behauptet, der antike Gott Apoll zu sein: Die Crew der Enterprise soll ihn als Gott verehren.
Die Enterprise unterliegt in einem Feuergefecht einem fremden Flugkörper. Es handelt sich um eine intelligente Sonde aus dem Jahr 2020, die sich selbst Nomad nennt. Sie hält Kirk für ihren Schöpfer und teilt ihm ihren Auftrag mit: alles Unvollkommene zerstören.
Kirk kehrt mit einem Außenteam vom Planeten Halkon zurück. Er findet die Enterprise völlig verändert vor. Unter der Besatzung ist ein Kampf jeder gegen jeden entbrannt. Kirk kennt seine Besatzung nicht wieder. Allmählich wird ihm klar, dass es sich um eine Enterprise aus einem Parallel-Universum handeln muss. Gemeinsam mit Scotty, Pille und Uhura versucht er einen Weg zu finden, um auf die "echte" Enterprise zurückkehren zu können.
Auf den ersten Blick scheint der Planet Gamma Trianguli ein wahres Paradies zu sein. Aber der Schein trügt. Überall lauert der Tod. Nur die Bewohner, die dem Gott Vaal dienen, sind offenbar dagegen gefeit. Vaal fordert auch von der Enterprise völlige Unterwerfung.
Kirk folgt einem Notruf und findet alle Planeten eines Sonnensystems zerstört vor. Die U.S.S. Constellation treibt hilflos im All. Ihr Commander Matt Decker berichtet, von einem Kampfroboter, der die Planeten zerstört hat. Der Planeten-Killer richtet sich auch gegen die Enterprise.
Ein Außenteam der U.S.S. Enterprise verschwindet auf dem Planeten Pyrus VII. Kirk, Spock und Dr. McCoy machen sich auf die Suche nach ihrem Crewmitgliedern und finden auf dem Planeten eine Zauberwelt vor. Sie begegnen drei Hexen, einer schwarzen Katze und dem Zauberer Korob. Der verwandelt McCoy, Sulu und Scott in Zombies.
Die Enterprise erhält ein neues Crewmitglied: den Androiden Norman. Dieser entführt das Schiff zu einem unbekannten Planeten, der ausschließlich von Robotern bevölkert wird, die ihrem Anführer Henry Mudd treu ergeben sind, ihn allerdings auf ihrem Planeten festhalten. Mit Hilfe der Enterprise-Crew will Mudd fliehen. Doch sein Fluchtplan verläuft ganz anders als erwartet.
Die Enterprise hat den Auftrag, der Diplomatin Nancy Hedford zu helfen, die dringend medizinisch behandelt werden muss. Kirk, Spock und Dr. McCoy wollen sie gerade mit Hilfe eines Shuttles zur Enterprise bringen, als sie gezwungen werden, ihr Schiff auf dem nahe gelegenen Planeten Gamma Canaris N zu landen. Dort erwartet sie eine handfeste Überraschung: Zefram Cochrane, der eigentlich längst verstorbene Erfinder des Sol-Antriebs, erwartet sie bereits.
Die Enterprise bringt eine Gruppe von Diplomaten zu einer wichtigen Konferenz auf den Planeten Babel. Auch Spocks Eltern sind an Bord der Enterprise. Spock ist mit seinem Vater seit Jahren zerstritten. Da droht ein Saboteur, die Konferenz zum Scheitern zu bringen.
Im Auftrag der Sternenflotte will Kirk auf dem Planeten Capella IV mit den Bewohnern einen Vertrag zum Abbau des Minerals Topalin abschließen. Doch die Enterprise kommt zu spät. Die Klingonen sind bereits vor ihnen eingetroffen und denken gar nicht daran, fair zu verhandeln. Es kommt zum Kampf.
Während eines Zwischenstopps auf dem Planeten Gamma Hydra IV infiziert sich die Besatzung der Enterprise mit einer tödlichen Krankheit. Der normale Alterungsprozeß wird ernorm beschleunigt. Als Kirk zusehends seniler wird, übernimmt Commodore Stocker, den die Enterprise zur Raumbasis 10 bringen sollte, das Kommando. In Unkenntnis der Lage steuert er romulanisches Gebiet an.
Zwei Crewmitglieder der Enterprise werden von einem wolkenförmigen Wesen getötet. Den Opfern fehlen sämtliche rote Blutkörperchen. Kirk ist wie besessen, das Wesen zu vernichten. Denn als junger Offizier, als er der tödlichen Wolke schon einmal begegnete, fielen ihr bereits Hunderte Menschen zum Opfer.
Kirk, McCoy und Scott verbringen einen kurzen Sonderurlaub auf dem Planeten Argelius. Scott verliebt sich in die schöne Bauchtänzerin Kara. Diese wird jedoch kurz darauf ermordet. Über sie gebeugt findet man Scott. Er hält noch das blutige Messer in der Hand.
Die Enterprise soll auf einer Raumbasis eine kostenbare Weizenart an Bord nehmen. Uhura hat auf der Station ein Tribble, ein kleines, pelziges Wesen, gekauft. Es vermehrt sich rasend schnell und ist äußerst verfressen. Zudem drohen Klingonen, den Transport zu sabotieren.
Prof. Crater und seine Frau Nancy leben auf einem einsamen Planeten. Dr. McCoy soll die jährliche Routineuntersuchung vornehmen. Auf der Enterprise ereignen sich merkwürdige Todesfälle. Plötzlich ist Nancy verschwunden. McCoy ist sehr um seine ehemalige Geliebte besorgt.
Nach dem Absturz eines Raumschiffes auf den Planeten Thasis ist der Junge Charly scheinbar allein herangewachsen. Die Enterprise nimmt ihn an Bord, um ihn zu seinen Verwandten zurückzubringen. Die Besatzung stellt bald fest, daß der Junge übersinnliche Fähigkeiten besitzt.
Die Besatzung der Enterprise birgt den Flugschreiber der 200 Jahre alten U.S.S. Valiant. Dieses Schiff ist weiter ins Weltall vorgedrungen, als bisher vermutet. Die Enterprise durchstößt während der Bergung eine merkwürdige Barriere. Durch das folgende Energiegewitter entwickeln Dr. Dehner und Steuermann Mitchell übersinnliche Kräfte. Die Sicherheit des ganzen Schiffes ist dadurch bedroht.
Die Enterprise-Crew soll eine Gruppe Wissenschaftler von dem sterbenden Planeten Psi 2000 retten. Mr. Spock und Joe Tormolen beamen auf den Planeten, doch sie finden nur noch die Leichen der Forscher vor. Kurz nach ihrer Rückkehr auf das Schiff bricht eine mysteriöse Krankheit an Bord aus. Auch Spock wird davon befallen und verhält sich ausgesprochen aggressiv. Dr. McCoy vermutet, dass es sich um ein unbekanntes Virus handelt.
Nach einer Transporterfehlfunktion wird Captain Kirk in zwei Personen gespalten. Plötzlich gibt es einen guten und einen bösen Kirk. Zunächst bemerkt niemand, dass der Captain nun einen Doppelgänger hat. Als er sich aber immer seltsamer verhält, schöpft Spock schließlich Verdacht.
Die Enterprise verfolgt ein unregistriertes Frachtschiff bis in einen Asteroidengürtel. Die vier Personen an Bord werden auf die Enterprise gebeamt. Es handelt sich um den Gauner Harry Mudd und drei verführerische Frauen. Bei der Verfolgung des Schiff hat die Enterprise beinahe alle Lithiumkristalle aufgebraucht, die für den Antrieb gebraucht werden. So landen sie auf Rigel XII, einem Planeten mit Lithiumminen, wo Mudd eigentlich die Frauen verkaufen wollte.
Die Enterprise ist auf dem Weg zum Planeten Exo III, um Dr. Roger Korby einen Archäologen zu suchen, von dem man seit fünf Jahren nichts gehört hat. Tatsächlich spürt die Crew ihn auf, doch er will nur Captain Kirk und seine Verlobte Christine Chapel sehen. Kirk ahnt nicht, dass Korby ein gefährliches Geheimnis hütet. Er hat Androiden entwickelt, die von echten Menschen nicht zu unterscheiden sind.
Die Enterprise entdeckt einen erdähnlichen Planeten, auf dem es nur Kinder gibt. Alle Erwachsenen sind offenbar einem Virus zum Opfer gefallen. Auch die Besatzung der Enterprise wird infiziert. Es bleiben nur sieben Tage, um ein Gegenmittel zu finden. Eines der älteren Mädchen, Miri, verliebt sich indessen in Kirk.
Auf der Strafkolonie Tantalus V schmuggelt sich der Häftling Van Gelder an Bord der Enterprise. Er bittet um Asyl, da er den Behandlungsmethoden von Dr. Adams entkommen will. Captain Kirk will sich nun selbst ein Bild von Dr. Adams Rehabilitationszentrum machen. Er stellt fest, dass Adams bei seinen Patienten eine Art Gehirnwäsche einsetzt. Bald gerät auch Kirk in die Fänge des Doktors.
Ein würfelförmiges Raumschiff attackiert die Enterprise. Captain Kirk bleibt nichts anderes übrig, als es zu zerstören. Doch damit ist die Gefahr nicht gebannt, denn Spock vermutet, dass das Schiff nur eine Sonde war. Tatsächlich nähert sich bereits ein weiteres gigantisches Raumschiff, dem die Enterprise hilflos unterlegen ist. Der Angreifer fordert die Crew zur Kapitulation auf. Die Lage erscheint aussichtlos, doch Dr. McCoy ersinnt einen Bluff.
Mr. Spock muss sich vor einem Tribunal verantworten. Er hat versucht, die Enterprise und ihren früheren Captain Pike zu dem verbotenen Planeten Talos IV zu entführen. Zu seiner Rechtfertigung zeigt Spock Aufnahmen von der Landung der Enterprise auf Talos IV unter Pike.
Spock steht wegen der Entführung der Enterprise vor Gericht. Der Bericht, den er über Pikes Landung mit der Enterprise auf Talos IV zeigt, soll sein Verhalten aufklären. Damals geriet der frühere Captain der Enterprise in die Gewalt der Talosianer und ihrer Geisteskräfte.
Der Direktor einer Theatertruppe wird verdächtigt der ehemalige Tyrann Kodos zu sein, der auf Tarsus IV die Hälfte der Bevölkerung ermorden ließ. Doch alle Zeugen, die ihn enttarnen könnten, werden umgebracht. Als letzter überlebender Zeuge gerät nun auch Kirk in Lebensgefahr.
Ein romulanischer Warbird greift einen Außenposten der Föderation an. Die Enterprise verfolgt das Schiff, das jedoch durch eine Tarnvorrichtung unsichtbar ist. Die Übertragung eines Bildes von der Brücke des Schiffs sorgt auf der Enterprisefür eine handfeste Überraschung: Die Romulaner sehen den Vulkaniern ausgesprochen ähnlich und haben ebenfalls spitze Ohren. Lieutenant Stiles verdächtig daraufhin Spock der Spionage.
Die Crew der Enterprise hat einen Planeten entdeckt, der sich für einen Landurlaub eignet. Doch als McCoy (DeForest Kelley) und ein Erkundungsteam ihn untersuchen, treffen sie auf ein großes weißes Kaninchen und weitere merkwürdige Erscheinungen. Als auch Kirk sich herunter beamen lässt, begegnet er einem Feind aus seiner Vergangenheit. Derweil wird Sulu von einem Samuraikrieger angegriffen. Kirk und Spock erkennen, dass ihre Gedanken Realität werden. Plötzlich erscheint ein alter Mann, der ihnen erklärt, dass der Planet als Vergnügungspark angelegt wurde.
Die Enterprise entdeckt eine Sternengruppe, die einem Quasar ähnelt. Um das galaktische Phänomen näher zu untersuchen, fliegen McCoy, Spock, und Scotty mit dem Shuttle Galileo dorthin. Plötzlich jedoch gerät das Shuttle von seinem Kurs ab. Spock gelingt eine Notlandung auf einem Planeten, der von äußerst aggressiven Affenwesen bewohnt ist.
Auf dem Planeten Gothos gerät Kirk in die Gewalt des verrückten Trelane. Dieser lässt sich gern als General betiteln. Er hat seine Umgebung der Erde des 18. Jahrhunderts nachempfunden. Trelane zwingt Kirk zu einem klassischen Duell mit tödlichem Ausgang.
Die Enterprise verfolgt ein feindliches Schiff. Plötzlich geraten beide Schiffe in den Einfluss einer fremden Macht, den Metronen. Sie beschuldigen beide Crews einen Gewaltakt zu planen. Kirk soll in einem Duell auf Leben und Tod das Überleben seiner Mannschaft erkämpfen.
Durch einen Unfall wird die Enterprise in das 20. Jahrhundert geschleudert. Dort wird das Raumschiff für ein UFO gehalten und von der US-Luftwaffe attackiert. In Notwehr zerstört die Enterprise ein Flugzeug. Damit hat Kirk in den Lauf der Geschichte eingegriffen.
In einem Ionensturm wird die Enterprise schwer beschädigt. Einer ihrer besten Offiziere, Benjamin Finney, stirbt bei den Reparaturarbeiten des Schutzschirms. Bei der Untersuchung des Unfalls wird festgestellt, dass Captain Kirks Aussagen nicht mit den Aufzeichnungen des Computers übereinstimmen. Kirk muss sich vor Gericht verantworten.
Die Enterprise befindet sich im Orbit von Beta III. Ein Außenteam auf dem Planeten wird plötzlich von den Bewohnern attackiert. Kirk beschließt, mit einem weiteren Trupp nach dem Rechten zu sehen. Doch auf der Oberfläche begegnen ihm nur friedliche Menschen, die offenbar von einem übernatürlichen Wesen namens Landru beschützt werden. Da wird die Enterprise mit Hitzestrahlen angegriffen.
Die Enterprise spürt ein ziellos im Weltall umhertreibendes, veraltetes Schiff auf. Kirks Crew entdeckt darauf Menschen ganz unterschiedlicher Rassen im Tiefschlaf. Dr. McCoy weckt die Schlafenden, darunter auch ihren Anführer Khan, einen ehemals mächtigen Tyrann. Khan sucht mit seinen Anhängern nach neuen Lebensmöglichkeiten auf fremden Planeten. Doch dazu braucht er die Hilfe der Enterprise. Kurzerhand versucht er das Schiff zu kapern.
Die Enterprise bringt Botschafter Fox zum Planeten Eminiar VII, wo er diplomatische Beziehungen aufnehmen soll. Kaum angekommen, werden Kirk und seine Crew verhaftet. Obwohl keine Kriegshandlungen festzustellen sind, befindet sich Eminiar VII offenbar mit dem Planeten Vendikar seit 500 Jahren in einem verheerenden Computerkrieg. Auch der Enterprise droht dadurch die völlige Zerstörung.
Vor drei Jahren landeten 150 Siedler auf dem Planeten Omicron Ceti III. Ihre Überlebenschancen waren gering. Umso überraschter ist Captain Kirk, eine blühende Kolonie auf dem Planeten vorzufinden. Doch das scheinbare Paradies hat auch seine Schattenseiten.
In einem Bergwerk auf Janus VI kommen immer wieder Minenarbeiter ums Leben. Bei den Ermittlungen stoßen Kirk, McCoy und Spock auf Tausende von Siliziumknollen und ein quallenartiges Wesen, das sie verteidigt. Die beiden müssen einen Weg finden, mit dem Wesen zu kommunizieren, wenn sie nicht riskieren wollen, dass noch mehr Menschen sterben.
Im Auftrag der Sternenflotte soll die Enterprise verhindern, dass die Klingonen den Planeten Organia einnehmen. Doch zum Erstaunen der Crew wollen die Bewohner Kirks Hilfe nicht annehmen. Sie lassen die Klingonen widerstandslos ihren Planeten besetzen. Während die Eroberer ihre Gewaltherrschaft ausbauen, stehen sich im All die Sternenflotte und die Streitmacht der Klingonen gegenüber.
Die Enterprise entdeckt einen unbekannten Planeten. Bei dessen Erforschung wird das Schiff von magnetischen Kräften erfasst. Auf dem Planeten finden Kirk und Spock einen Mann namens Lazarus. Der behauptet, von einem gefährlichen Wesen durchs All verfolgt zu werden.
Durch einen Unfall injiziert sich Pille eine gefährliche Überdosis Medikamente. Er verliert den Verstand und beamt sich auf einen Planeten. Durch ein Zeitportal gelangt er ins Chicago der 30er Jahre. Kirk und Spock folgen ihm.
Kirks Familie und ihre Nachbarn, die auf dem Planeten Deneva wohnen, werden von unbekannten quallenartigen Kreaturen in den Wahnsinn und sogar in den Tod getrieben. Captain Kirk (William T. Shatner) findet mit seinem Außenteam kurz nach der Landung seinen toten Bruder. Und seine übrigen Angehörigen liegen bereits im Sterben. Auch Spock (Leonard Nimoy) wird von einem Wesen überfallen und mit dem tödlichen Virus infiziert. Für Dr. McCoy (DeForest Kelley) beginnt ein Kampf gegen die Zeit, denn er muss schnellstmöglich ein Gegenmittel finden.
